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Die EUROArrays werden nach der Hybridisierung mit dem EUROArrayScanner ausgelesen. Die Software EUROArrayScan erkennt automatisch die Positionen der Arrays und quantifiziert die Spot-Signale für jede DNA-Sonde. Aus den Signalintensitäten ermittelt die Software in wenigen Sekunden für alle Proben das Testergebnis und dokumentiert die Resultate. Die umfangreichen integrierten Kontrollen werden dabei automatisch berücksichtigt. Eine manuelle Auswertung der Signale und deren Interpretation sind nicht notwendig. Die Software EUROArrayScan legt für jeden Lauf ein übersichtliches Arbeitsprotokoll an, das die einfache und sichere Abarbeitung der Proben unterstützt.
Der Anwender hat die Möglichkeit, bei der Befundausgabe eine Ergebnisübersicht aller Proben mit dem jeweiligen Testergebnis oder/und detaillierte Einzelergebnisausgabe unter Aufführung aller Teilergebnisse und dem zugehörigen Arraybild zu erhalten, um die vorgeschlagenen Befunde zu verifizieren. Weiterhin besteht die Möglichkeit, individuelle Kommentare hinzuzufügen. Die Resultate werden automatisch zusammen mit den Bilddaten gespeichert, sodass die Notwendigkeit der Archivierung der inkubierten EUROArrays entfällt. Für eine lückenlose Verarbeitung der Daten kann die Software EUROArrayScan darüber hinaus an ein LIS angebunden werden.